Package: r-bioc-genomicranges (1.58.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicranges  ]

Experimental package

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rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

La capacità di archiviare in modo efficiente le annotazioni e gli allineamenti genomici ha un ruolo centrale nell'analisi di dati di sequenziamento ad alte prestazioni (alias dati NGS). Il pacchetto definisce contenitori generici per archiviare intervalli genomici oltre a contenitori più specializzati per archiviare allineamenti rispetto ad un genoma di riferimento.

Other Packages Related to r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.37.1)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

• sug: r-bioc-annotate

  annotazioni BioConductor per microarray

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug

• sug: r-bioc-biobase

  funzioni base per Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.25.3)

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2

  pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale

• sug: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R

• sug: r-bioc-genomicalignments

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-gviz

  disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche

• sug: r-bioc-keggrest

  accesso REST lato client a KEGG per GNU R

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 0.1.5)

  contenitore per saggi BioConductor

• sug: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• sug: r-bioc-variantannotation

  annotazione di varianti genetiche per BioConductor

• sug: r-cran-digest

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  pacchetto GNU R di classi per matrici dense e sparse

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

Download r-bioc-genomicranges

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390x	2,044.2 kB	2,936.0 kB	[list of files]