Package: r-bioc-genomicalignments (1.42.0-1)

[ Source: r-bioc-genomicalignments  ]

Experimental package

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rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

Questo pacchetto BioConductor fornisce contenitori efficienti per memorizzare e manipolare allineamenti genomici corti (ottenuti tipicamente allineando letture corte ad un genoma di riferimento). Ciò include contare le letture, calcolare la copertura, rilevare le giunzioni e lavorare con il contenuto in nucleotidi degli allineamenti.

Other Packages Related to r-bioc-genomicalignments

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  funzionalità BioConductor per valutazione parallela

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.55.7)

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.13.1)

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.55.3)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.9.13)

  contenitore per saggi BioConductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2

  pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale

• sug: r-bioc-edger

  analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-rtracklayer

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• sug: r-bioc-shortread

  classi e metodi GNU R per grosse moli di dati di sequenziamento short-read

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390x	2,110.6 kB	3,393.0 kB	[list of files]