Package: cnvkit (0.9.10-3~0exp0)

[ Source: cnvkit  ]

Experimental package

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rilevamento della variabilità del numero di copie da sequenziamento mirato di DNA

Un toolkit a riga di comando e una libreria Python per rilevare la variabilità del numero di copie e le alterazioni a livello di tutto il genoma da sequenziamento mirato di DNA. È progettato per l'uso con catture ibride, inclusi sia l'esoma intero, sia pannelli obiettivo personalizzati, e piattaforme di sequenziamento con letture corte come Illumina e Ion Torrent.

Other Packages Related to cnvkit

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-matplotlib

  sistema di tracciamento grafici basato su Python in uno stile simile a Matlab

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-pomegranate

  Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling

• dep: python3-pyfaidx

  accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-reportlab

  libreria ReportLab per creare documenti PDF usando Python3

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-sklearn

  moduli Python per l'apprendimento automatico e il data mining - Python 3

• dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

  R package: DNA copy number data analysis

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	19,048.0 kB	94,731.0 kB	[list of files]