Пакет: cnvkit (0.9.10-3~0exp0)

[ Источник: cnvkit  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.

Другие пакеты, относящиеся к cnvkit

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pomegranate

  Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling

• dep: python3-pyfaidx

  efficient random access to fasta subsequences for Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-reportlab

  ReportLab library to create PDF documents using Python3

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

  R package: DNA copy number data analysis

Загрузка cnvkit

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	19 048,0 Кб	94 731,0 Кб	[список файлов]