Package: plasmidseeker (1.0+dfsg-1)

[ Source: plasmidseeker  ]

identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di genomi interi

PlasmidSeeker è un programma basato su k-meri per l'identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di interi genomi batterici.

PlasmidSeeker abilita il rilevamento di plasmidi da dati di WGS di batteri senza assemblaggio delle letture. L'algoritmo di PlasmidSeeker è basato sui k-meri e usa l'abbondanza dei k-meri per distinguere tra sequenze dei plasmidi e batteriche. Le prestazioni di PlasmidSeeker sono state testate su un insieme di campioni WGS batterici reali e simulati ottenendo come risultato una sensibilità del 100% e una specificità del 99.98%.

Other Packages Related to plasmidseeker

• dep: genometester (>= 4.0+git20180508.a9c14a6+dfsg)

  toolkit per eseguire operazioni di insiemistica su liste di k-meri

Download plasmidseeker

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	23.9 kB	90.0 kB	[list of files]
arm64	23.9 kB	90.0 kB	[list of files]
armhf	23.9 kB	90.0 kB	[list of files]
i386	23.9 kB	90.0 kB	[list of files]