Package: gubbins (2.3.4-1)

[ Source: gubbins  ]

analisi filogenetica di sequenze di genoma

Gubbins gestisce l'analisi filogenetica rapida di grandi campioni di sequenze di genomi completi di batteri ricombinanti.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) è un algoritmo che iterativamente identifica i loci contenenti elevate densità di sostituzioni di base mentre contemporaneamente costruisce una filogenia basata sulle presunte mutazioni puntuali al di fuori di tali regioni. Le simulazioni dimostrano che l'algoritmo genera ricostruzioni altamente accurate in modelli realistici di evoluzione batterica nel breve periodo e può essere eseguito in poche ore su allineamenti di centinaia di sequenze di genoma batterico.

Other Packages Related to gubbins

• dep: fasttree

  alberi filogenetici da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [i386]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python per bioinformatica (implementata in Python 3)

• dep: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

• dep: python3-nose

  scoperta ed esecuzione di test per test di unità di Python3

• dep: python3-reportlab

  libreria ReportLab per creare documenti PDF usando Python3

• dep: raxml (>= 8)

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	47.4 kB	187.0 kB	[list of files]
i386	48.3 kB	186.0 kB	[list of files]