Paquet : gubbins (2.3.4-1)

[ Paquet source : gubbins  ]

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Autres paquets associés à gubbins

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [i386]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-nose

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-reportlab

  bibliothèque ReportLab pour créer des documents PDF en utilisant Python3

• dep: raxml (>= 8)

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger gubbins

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	47,4 ko	187,0 ko	[liste des fichiers]
i386	48,3 ko	186,0 ko	[liste des fichiers]