Package: gubbins (2.4.1-5)

[ Source: gubbins  ]

analisi filogenetica di sequenze di genoma

Gubbins gestisce l'analisi filogenetica rapida di grandi campioni di sequenze di genomi completi di batteri ricombinanti.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) è un algoritmo che iterativamente identifica i loci contenenti elevate densità di sostituzioni di base mentre contemporaneamente costruisce una filogenia basata sulle presunte mutazioni puntuali al di fuori di tali regioni. Le simulazioni dimostrano che l'algoritmo genera ricostruzioni altamente accurate in modelli realistici di evoluzione batterica nel breve periodo e può essere eseguito in poche ore su allineamenti di centinaia di sequenze di genoma batterico.

Other Packages Related to gubbins

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

• dep: raxml

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

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• rec: fasttree

  alberi filogenetici da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi

• rec: iqtree

  efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	56.9 kB	235.0 kB	[list of files]
i386	58.3 kB	238.0 kB	[list of files]