Package: spades (3.13.0+dfsg2-2)

[ Source: spades  ]

assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati

L'assemblatore di genomi SPAdes - St. Petersburg è pensato per assemblaggi di isolati standard e di MDA batterici da singola cellula. Funziona con lettura Illumina o IonTorrent ed è in grado di fornire assemblati ibridi usando letture PacBio e Sanger. Si possono anche fornire contigui aggiuntivi che verranno usati come letture lunghe.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

Other Packages Related to spades

• dep: bamtools

  toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.2.4)

  libreria di ottimizzazione non lineare

• dep: libssw0

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione Python 2)

• dep: python-joblib

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  analizzatore ed emettitore YAML per Python

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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