Paket: spades (3.13.0+dfsg2-2)

[ Quellcode: spades  ]

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implementiert in: Python, Benutzer-Schnittstellen: interface::commandline, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, Arbeitet mit: works-with::biological-sequence, works-with::file

Andere Pakete mit Bezug zu spades

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.2.4)

  Bibliothek für nichtlineare Optimierung

• dep: libssw0

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: python-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python-yaml

  Python-Parser und -Emitter für YAML

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	4.643,7 kB	23.056,0 kB	[Liste der Dateien]