Package: e-mem (1.0.1-4)

[ Source: e-mem  ]

calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi

E-MEM permette il calcolo efficiente di Maximal Exact Match (MEM) che non usa indici a tutto testo. L'algoritmo usa molto meno spazio ed è estremamente adatto alla parallelizzazione. Può calcolare tutti i MEM di lunghezza minima 100 tra i genomi completi dell'uomo e del topo su una macchina con 12 core in 10 minuti e 2 GB di memoria; la memoria richiesta può essere appena di 600 MB. Può funzionare in maniera efficiente su genomi di qualunque dimensione. Sono forniti ampi test e confronti con i migliori algoritmi di oggi.

Mummer ha molti script differenti nei quali uno dei programmi chiave è il calcolo dei MEM. In tutti gli script, il programma per il calcolo dei MEM può essere sostituito facilmente con e-mem per migliori prestazioni.

Other Packages Related to e-mem

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• enh: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	40.2 kB	117.0 kB	[list of files]