Package: e-mem (1.0.1-4)

[ Source: e-mem  ]

Effektiv beregning af Maximal Exact Matches for meget store genomer

E-MEM aktiverer effektiv beregning af Macimal Exact Matches (MEM'er), som ikke bruger fuld tekst-indeks. Algoritmen bruger meget mindre plads og er meget modtagelig for parallelisering. Den kan beregne alle MEM'er med minimumslængden 100 mellem hele menneske- og musegenomet på en 12-kerne maskine på 10 min. og med 2 GB hukommelse; den krævede hukommelse kan være så lav som 600 MB. Kan effektivt behandle genomer i alle størrelser. Omfattende test og sammenligning med de i øjeblikket bedste algoritmer er indeholdt.

Mummer har mange forskellige skripter, hvor et af nøgleprogrammerne er MEM- beregning. I alle skripterne, kan MEM-beregningsprogrammet nemt erstattes med e-mem for bedre ydelse.

Other Packages Related to e-mem

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• enh: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

Download e-mem

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	40.2 kB	117.0 kB	[list of files]