Pakiet: e-mem (1.0.1-4)

[ Pakiet źródłowy: e-mem  ]

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

Inne pakiety związane z e-mem

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• enh: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

Pobieranie e-mem

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	40,2 KiB	117,0 KiB	[lista plików]