Package: canu (2.0+dfsg-1)

[ Source: canu  ]

assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi

Canu è un fork di Celera Assembler, progettato per sequenziamento con alto rumore di molecole singole (come PacBio RS II o Oxford Nanopore MinION).

Canu è una catena pipe di assemblaggio gerarchico che viene eseguita in quattro passi:

 * rilevamento di sovrapposizioni in sequenze con alto rumore usando MHAP;
 * generazione del consenso delle sequenze corrette;
 * taglio delle sequenze corrette;
 * assemblaggio delle sequenze corrette dopo il taglio.

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  modulo per ottenere informazioni sullo spazio sul disco del file system

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: nanopolish

  identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

• sug: pbgenomicconsensus

  Package not available

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armhf	1,101.1 kB	6,673.0 kB	[list of files]