[ ソース: canu ]
パッケージ: canu (2.0+dfsg-1)
一分子シークエンスゲノムアセンブラ
Canu は Celera Assembler のフォークで、（PacBio RS II や Oxford Nanopore MinION などの) 高ノイズ一分子シークエンシング向けに設計されています。
Canu は4つのステップで走る階層的アセンブリパイプラインです:
* MHAP を用いた高ノイズシークエンスにおける重なり検知 * 訂正一致シークエンスの生成 * 訂正シークエンスのトリム * トリム済み訂正シークエンスのアセンブル
その他の canu 関連パッケージ
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- dep: gnuplot
- Command-line driven interactive plotting program.
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libfilesys-df-perl
- Module to obtain filesystem disk space information
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: mhap (>= 2.1.3)
- locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- sug: nanopolish
- consensus caller for nanopore sequencing data
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- sug: pbgenomicconsensus
- パッケージは利用できません