Package: canu (2.0+dfsg-1)

[ Source: canu  ]

Enkel molekyle sekvenssamler for genomer

Canu er en forgrening af Celera Assembler, designet for høj-støj enkel molekyle sekvensopbygning (såsom PacBio RS II eller Oxford Nanopore MinION).

Canu er en hierarkisk samlelinje, som kører i fire trin:

 * Detekter overlap i sekvenser med høj støj med MHAP
 * Opret korrigeret sekvenskonsensus
 * Trim rettede sekvenser
 * Saml trimmede rettede sekvenser

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot

  Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Modul til at indhente information om diskpladsen på filsystemet

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  Lokalitetsfølsom hashing for at registrere long-read-overlap

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: nanopolish

  Konsensuskalder for nanopore-sekvensdata

• sug: pbgenomicconsensus

  Package not available

Download canu

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armhf	1,101.1 kB	6,673.0 kB	[list of files]