Package: trf-examples (4.09.1-4)

[ Source: trf  ]

localizza e visualizza ripetizioni tandem in sequenze di DNA (esempi)

Una ripetizione tandem nel DNA è costituita da due o più copie adiacenti approssimate di un motivo di nucleotidi. Tandem Repeats Finder è un programma per localizzare e visualizzare ripetizioni tandem in sequenze di DNA. Per poter usare il programma, l'utente fornisce una sequenza in formato FASTA. Non è necessario specificare il motivo, la dimensione del motivo o qualsiasi altro parametro. L'output è costituito da due file: un file della tabella delle ripetizioni e un file di allineamento. La tabella delle ripetizioni, visualizzabile in un browser web, contiene informazioni su ogni ripetizione, inclusi la sua posizione, la dimensione, il numero di copie e il contenuto in nucleotidi. Cliccando sugli indici delle posizioni di una delle voci della tabella si apre una seconda pagina del browser che mostra un allineamento delle copie rispetto ad un motivo di consenso. Il programma è molto veloce e analizza sequenze dell'ordine di 0,5Mb in appena qualche secondo. Le sequenze fornite possono avere lunghezza arbitraria. Vengono rilevate ripetizioni con la dimensione del motivo nell'intervallo compreso tra 1 e 2000 basi.

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