Package: bio-eagle (2.4.1-3 and others)

[ Source: bio-eagle  ]

fasi di aplotipi con una coorte genotipizzata o usando un panel di riferimento con fase

Eagle stima la fase di aplotipo all'interno di una coorte genotipizzata o utilizzando un panel di riferimento con fase. L'idea di base dell'algoritmo Eagle1 è di imbrigliare l'identità per discendenza tra parenti distanti, che è pervasiva per campioni di dimensioni molto grandi ma rara tra campioni più piccoli, per identificare velocemente la fase usando un approccio per punteggio veloce. Al contrario l'algoritmo Eagle2 analizza un modello completamente probabilistico simile al modello diploide di Li-Stephens utilizzata dai precedenti metodi basati su HMM.

Notare: l'eseguibile è stato rinominato in bio-eagle a causa di un conflitto di nome. Leggere di più a riguardo in /usr/share/doc/bio-eagle/README.Debian.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

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