Paquet : bio-eagle (2.4.1-3 et autres)

[ Paquet source : bio-eagle  ]

phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

Eagle estime la phase haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence. L'idée de base de l'algorithme Eagle1 est d'utiliser l'identité par descendance parmi les parents éloignés – qui est invasive pour de grandes tailles d'échantillons, mais rare parmi de faibles nombres d'échantillons – pour appeler rapidement une phase grâce à une approche de score rapide. Au contraire, l'algorithme Eagle2 analyse un modèle probabiliste complet similaire au modèle diploïde Li-Stephens utilisé par les méthodes antérieures basées sur des modèles de Markov cachés.

Note : l'exécutable a été renommé bio-eagle à cause d'un conflit de nommage. Plus d'informations sont disponibles dans /usr/share/doc/bio-eagle/README.Debian.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, But: Analyse

Autres paquets associés à bio-eagle

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libopenblas0

  Optimized BLAS (linear algebra) library (meta)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• rec: med-config (>= 2.1)

  paquet de configuration générale de Debian Med

• sug: bio-eagle-examples

  exemples pour bio-eagle

Télécharger bio-eagle

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2.4.1-3+b1	244,9 ko	674,0 ko	[liste des fichiers]