Package: fasttree (2.1.11-2)

[ Source: fasttree  ]

alberi filogenetici da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi

FastTree deduce alberi filogenetici con massima verosimiglianza approssimata da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi. Gestisce allineamenti fino a un milione di sequenze con quantità di memoria e tempo ragionevoli. Per grandi allineamenti, FastTree è 100-1.000 volte più veloce di PhyML 3.0 o RAxML 7.

FastTree è più accurato di PhyML 3 con le impostazioni predefinite, e molto più accurato dei metodi della matrice delle distanze che sono tradizionalmente usati per grandi allineamenti. FastTree usa i modelli Jukes-Cantor o GTR (Generalized Time-Reversible) dell'evoluzione dei nucleotidi e il modello JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) dell'evoluzione degli aminoacidi. Per tenere conto dei vari tassi di evoluzione tra siti, FastTree usa un singolo tasso per ciascun sito (l'approssimazione "CAT"). Per stimare velocemente l'affidabilità di ciascuna divisione nell'albero, FastTree calcola i valori di supporto locale con il test Shimodaira-Hasegawa (sono gli stessi del "SH-like local supports" di PhyML 3).

Questo pacchetto contiene una versione con thread singolo (fasttree) e una versione parallela che usa OpenMP (fasttreMP).

Other Packages Related to fasttree

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	176.6 kB	483.0 kB	[list of files]
arm64	167.5 kB	465.0 kB	[list of files]
armel	172.2 kB	509.0 kB	[list of files]
armhf	164.9 kB	385.0 kB	[list of files]
i386	178.9 kB	517.0 kB	[list of files]
mips64el	171.5 kB	527.0 kB	[list of files]
mipsel	171.8 kB	515.0 kB	[list of files]
ppc64el	181.9 kB	635.0 kB	[list of files]
s390x	166.4 kB	493.0 kB	[list of files]