Paquet : lumpy-sv (0.3.1+dfsg-1) [debports]

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general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Autres paquets associés à lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0

  Paquet indisponible

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Paquet indisponible

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-numpy

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: sambamba

  outils pour travailler avec des données SAM/BAM

Télécharger lumpy-sv

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sparc64 (portage non officiel)	151,6 ko	584,0 ko	[liste des fichiers]