Paket: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-1) [debports]

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general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Andere Pakete mit Bezug zu lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0

  Paket nicht verfügbar

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  Einfach nutzbare Client-Bibliothek für URL-Übertragungen (OpenSSL-Variante)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Paket nicht verfügbar

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
sparc64 (inoffizielle Portierung)	151,6 kB	584,0 kB	[Liste der Dateien]