Paquet : smithwaterman (0.0+git20160702.2610e25-12 et autres)

[ Paquet source : libsmithwaterman  ]

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

L’algorithme de Smith–Waterman réalise un alignement de séquences, c’est-à-dire qu’il détermine les régions similaires entre deux chaines représentant des séquences de nucléotide ou de protéine. Au lieu d’examiner la séquence entière, l’algorithme de Smith–Waterman compare les segments de toutes les longueurs possibles et optimise les mesures de similarité.

Autres paquets associés à smithwaterman

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non ia64, m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,7 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,1 ko	59,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,4 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,0 ko	50,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	11,9 ko	50,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,8 ko	51,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,3 ko	62,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b1	14,8 ko	65,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12	12,9 ko	58,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,9 ko	100,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,3 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,2 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,3 ko	51,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,7 ko	55,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,4 ko	98,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,2 ko	1 060,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,0 ko	58,0 ko	[liste des fichiers]