Paquet : smithwaterman (0.0+git20160702.2610e25-12 et autres)

[ Paquet source : libsmithwaterman  ]

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

L’algorithme de Smith–Waterman réalise un alignement de séquences, c’est-à-dire qu’il détermine les régions similaires entre deux chaines représentant des séquences de nucléotide ou de protéine. Au lieu d’examiner la séquence entière, l’algorithme de Smith–Waterman compare les segments de toutes les longueurs possibles et optimise les mesures de similarité.

Autres paquets associés à smithwaterman

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,1 ko	59,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,4 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,0 ko	50,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	11,9 ko	50,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,3 ko	62,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,9 ko	100,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	13,2 ko	99,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,3 ko	51,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.0+git20160702.2610e25-12+b2	12,7 ko	55,0 ko	[liste des fichiers]