Paquet : skewer (0.2.2-6 et autres)

[ Paquet source : skewer  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Autres paquets associés à skewer

• dep: libc6 (>= 2.17) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.17) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger skewer

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.2.2-6	87,6 ko	227,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.2.2-6+b1	86,4 ko	216,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.2.2-6+b2	79,1 ko	236,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.2.2-6+b1	75,2 ko	235,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.2.2-6+b1	75,5 ko	171,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.2.2-6	83,6 ko	195,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.2.2-6+b1	90,2 ko	231,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.2.2-6	107,3 ko	387,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.2.2-6	83,4 ko	209,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.2.2-6+b1	81,5 ko	242,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.2.2-6	83,7 ko	235,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.2.2-6+b1	84,9 ko	236,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.2.2-6+b1	80,3 ko	159,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.2.2-6+b1	76,0 ko	199,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.2.2-6	98,1 ko	190,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.2.2-6	75,2 ko	197,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.2.2-6	86,1 ko	201,0 ko	[liste des fichiers]