Paquet : python3-pairix (0.3.8-1 et autres)

[ Paquet source : python-pairix  ]

indexation et recherche 1D/2D avec des paires de coordonnées génomiques

Pairix est un outil conçu pour l'indexation et la requête de fichiers texte compressés en blocs contenant des paires de coordonnées génomiques.

Pairix est un programme C autonome basé sur Tabix pour servir d’outil pour le format de fichier standard 4DN décrivant les données Hi-C : pairs_format_specification.md

Cependant, Pairix peut être utilisé comme outil générique pour indexer et rechercher tout fichier texte compressé (BGZF) contenant des coordonnées génomiques, pour une indexation et une recherche 1D ou 2D.

Par exemple, étant donné un fichier texte personnel, l’utilisateur veut extraire des lignes spécifiques de ce fichier. Une commande awk lirait le fichier de paires du début à la fin. Pairix crée un index et l’utilise pour accéder au fichier à la position adéquate en profitant de la compression bgzf, permettant ainsi une recherche rapide sur de très gros fichiers.

Autres paquets associés à python3-pairix

• dep: python3 (<< 3.10) [hppa]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.14) [non hppa, ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.13~) [non hppa, ia64]

  dep: python3 (>= 3.9~) [hppa]

Télécharger python3-pairix

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.3.8-1+b2	41,1 ko	157,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.3.8-1+b2	41,6 ko	120,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.3.8-1+b2	38,9 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.3.8-1+b2	37,1 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.3.8-1+b2	36,1 ko	91,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.3.7-4	40,6 ko	120,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.3.8-1+b2	45,5 ko	127,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.3.7-7	54,3 ko	353,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.3.8-1+b2	42,0 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.3.8-1+b2	35,8 ko	107,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.3.8-1+b2	39,1 ko	163,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.3.8-1+b2	47,2 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.3.8-1+b2	42,1 ko	108,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.3.8-1+b2	45,5 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.3.8-1+b2	41,7 ko	115,0 ko	[liste des fichiers]