toutes les options
bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Paquet source : python-pairix  ]

Paquet : python3-pairix (0.3.7-3 et autres)

Liens pour python3-pairix

Screenshot

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source python-pairix :

Responsables :

Ressources externes :

Paquets similaires :

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates

Pairix is a tool for indexing and querying on a block-compressed text file containing pairs of genomic coordinates.

Pairix is a stand-alone C program that was written on top of tabix as a tool for the 4DN-standard pairs file format describing Hi-C data: pairs_format_specification.md

However, Pairix can be used as a generic tool for indexing and querying any bgzipped text file containing genomic coordinates, for either 2D- or 1D- indexing and querying.

For example: given the custom text file below, you want to extract specific lines from the Pairs file further below. An awk command would read the Pairs file from beginning to end. Pairix creates an index and uses it to access the file from a relevant position by taking advantage of bgzf compression, allowing for a fast query on large files.

Autres paquets associés à python3-pairix

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • enhances

Télécharger python3-pairix

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 0.3.7-3+b1 39,9 ko117,0 ko [liste des fichiers]
arm64 0.3.7-3+b1 37,3 ko113,0 ko [liste des fichiers]
armel 0.3.7-3+b1 35,2 ko99,0 ko [liste des fichiers]
armhf 0.3.7-3+b1 34,4 ko83,0 ko [liste des fichiers]
i386 0.3.7-3+b1 43,4 ko119,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 0.3.7-3+b1 36,7 ko123,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 0.3.7-3+b1 37,8 ko121,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 0.3.7-3+b1 46,3 ko153,0 ko [liste des fichiers]