Paquet : python-cogent (1.9-14 et autres) [debports]
Liens pour python-cogent
Ressources Debian :
Télécharger le paquet source :
IntrouvableResponsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [pycogent.org]
Paquets similaires :
framework pour la biologie du génome
PyCogent est une bibliothèque pour la biologie du génome. C'est un framework complètement intégré et testé en profondeur pour :
- le pilotage d'applications tierces ;
- la conception de workflows ; l'interrogation des bases de données ;
- la conduite de nouvelles analyses probabilistes de l'évolution de
séquences biologiques ;
- la génération de publications avec des graphismes de qualité.
Il se distingue par de nombreuses fonctionnalités uniques intégrées (telles
que l'alignement de codons véritables) et l'ajout fréquent de méthodes
complètement nouvelles pour l'analyse de données de génomes.
Paquets fournissant python-cogent
- python3-cogent3
- framework pour la biologie du génome
Autres paquets associés à python-cogent
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- dep: libc6 (>= 2.28) [sh4]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]
-
- dep: python
- Paquet indisponible
- dep: python (<< 2.8)
- dep: python (>= 2.7~)
-
- dep: python-matplotlib
- Paquet indisponible
-
- dep: python-numpy (>= 1:1.13.1) [hppa]
- Paquet indisponible
- dep: python-numpy (>= 1:1.14.3) [non hppa]
-
- dep: python-numpy-abi9
- Paquet indisponible
-
- rec: blast2
- Paquet indisponible
-
- rec: cd-hit
- suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences
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- rec: clearcut
- reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace
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- rec: dialign
- alignement de plusieurs séquences par segments
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- rec: muscle
- programme d'alignements multiples de séquences de protéine
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- sug: cdbfasta
- indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA
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- sug: clustalw
- alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
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- sug: fasttree
- arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
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- sug: mafft
- programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
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- sug: mothur
- ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome
-
- sug: parsinsert
- insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques
-
- sug: python-cogent-doc
- docs for python3-cogent3
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- sug: rdp-classifier
- extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
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- sug: rtax
- classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S
Télécharger python-cogent
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| hppa (portage non officiel) | 1.9-11+b1 | 2 388,2 ko | 7 890,0 ko | [liste des fichiers] |
| sh4 (portage non officiel) | 1.9-14 | 2 420,6 ko | 7 527,0 ko | [liste des fichiers] |
| sparc64 (portage non officiel) | 1.9-14 | 2 357,1 ko | 7 877,0 ko | [liste des fichiers] |