Paquet : python-cogent (1.9-14)

[ Paquet source : python-cogent  ]

framework pour la biologie du génome

PyCogent est une bibliothèque pour la biologie du génome. C'est un framework complètement intégré et testé en profondeur pour :

 - le pilotage d'applications tierces ;
 - la conception de workflows ; l'interrogation des bases de données ;
 - la conduite de nouvelles analyses probabilistes de l'évolution de
    séquences biologiques ;
 - la génération de publications avec des graphismes de qualité.

Il se distingue par de nombreuses fonctionnalités uniques intégrées (telles que l'alignement de codons véritables) et l'ajout fréquent de méthodes complètement nouvelles pour l'analyse de données de génomes.

Étiquettes: Biologie: Protéines, Développement de logiciel: Programmation Python, Bibliothèques, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::python, interface::commandline, Rôle: Bibliothèque de programmation, Programme, But: use::analysing, use::comparing

Autres paquets associés à python-cogent

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  gestion rapide des tableaux avec Python

• dep: python-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python-numpy

• rec: blast2

  paquet factice de transition vers ncbi-blast+-legacy

• rec: bwa [amd64]

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• rec: clearcut

  reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

• rec: dialign

  alignement de plusieurs séquences par segments

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• sug: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• sug: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• sug: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• sug: infernal [amd64, i386]

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• sug: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• sug: mothur

  ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

• sug: parsinsert

  insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques

• sug: python-cogent-doc

  docs for python-cogent

• sug: raxml [amd64, i386]

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• sug: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• sug: rtax

  classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

Télécharger python-cogent

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2 424,4 ko	7 794,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2 378,8 ko	7 680,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2 383,5 ko	7 349,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2 394,6 ko	7 765,0 ko	[liste des fichiers]