Package: python-cogent (1.9-14 and others) [debports]

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infrastruttura per biologia genomica

PyCogent è una libreria software per la biologia genomica. È un'infrastruttura completamente integrata e accuratamente testata per:

 * controllare applicazioni di terze parti;
 * ideare flussi di lavoro; interrogare database;
 * condurre analisi probabilistiche innovative dell'evoluzione di sequenze
   biologiche;
 * generare grafici di qualità adatta per la pubblicazione.

Si distingue per le molte funzionalità interne uniche (come un vero allineamento dei codoni) e l'aggiunta frequente di metodi completamente nuovi per l'analisi di dati genomici.

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python3-cogent3: infrastruttura per biologia genomica

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dep: python (<< 2.8)

dep: python (>= 2.7~)
dep: python-matplotlib

Package not available
dep: python-numpy (>= 1:1.13.1) [hppa]

Package not available

dep: python-numpy (>= 1:1.14.3) [not hppa]
dep: python-numpy-abi9

Package not available

rec: blast2

Package not available
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rec: clearcut

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allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
sug: clustalw

allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
sug: fasttree

alberi filogenetici da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi
sug: mafft

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
sug: mothur

suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
sug: parsinsert

INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
sug: python-cogent-doc

documentazione per python3-cogent3
sug: rdp-classifier

strumento estensibile per classificare sequenze LSU di funghi e 16s di batteri e archei
sug: rtax

classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S

Download python-cogent

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
hppa (unofficial port)	1.9-11+b1	2,388.2 kB	7,890.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.9-14	2,420.6 kB	7,527.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.9-14	2,357.1 kB	7,877.0 kB	[list of files]