Paquet : r-bioc-rsamtools (1.30.0-1) [debports]

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importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

Ce paquet fournit une interface pour les utilitaires samtools, bcftools et tabix pour la manipulation de fichiers SAM (Sequence Alignment/Map), BCF (binary variant call) et tabix compressés (indexed tab-delimited).

Autres paquets associés à r-bioc-rsamtools

• dep: libc6 (>= 2.15)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1)

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-3.4

  Paquet indisponible

• dep: r-base-core (>= 3.4.2-2)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-cran-bitops

  paquet de GNU R pour des opérations bit à bit

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-rsamtools

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
m68k (portage non officiel)	3 206,0 ko	5 170,0 ko	[liste des fichiers]