Paquet : r-bioc-shortread (1.36.0-1) [debports]

[ Paquet source :  ]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

Autres paquets associés à r-bioc-shortread

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1)

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-3.4

  Paquet indisponible

• dep: r-base-core (>= 3.4.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.19)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.5.4)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-hwriter

  éditeur HTML – production d’objets de R au format HTML

• dep: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• dep: r-cran-latticeextra

  paquet de GNU R d’affichages graphiques supplémentaires basés sur les treillis

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-shortread

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
m68k (portage non officiel)	4 189,1 ko	6 069,0 ko	[liste des fichiers]