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Paquet : ivar (1.4.4+dfsg-1)

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Paquets similaires :

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Autres paquets associés à ivar

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 224,7 ko1 532,0 ko [liste des fichiers]
arm64 205,7 ko1 556,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 214,5 ko1 481,0 ko [liste des fichiers]
i386 236,7 ko1 546,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 198,8 ko1 477,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 215,6 ko1 636,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 216,4 ko1 420,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 229,2 ko1 462,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 195,7 ko2 200,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 225,9 ko1 507,0 ko [liste des fichiers]