Paquet : ivar (1.4.4+dfsg-1)

[ Paquet source : ivar  ]

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Autres paquets associés à ivar

• dep: libc6 (>= 2.38) [non sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger ivar

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	224,7 ko	1 532,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	205,7 ko	1 556,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	214,5 ko	1 481,0 ko	[liste des fichiers]
i386	236,7 ko	1 546,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	198,8 ko	1 477,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	215,6 ko	1 636,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	216,4 ko	1 420,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	229,2 ko	1 462,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	195,7 ko	2 200,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	225,9 ko	1 507,0 ko	[liste des fichiers]