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パッケージ: ivar (1.4.4+dfsg-1)

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類似のパッケージ:

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

その他の ivar 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • enhances

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アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 224.7 kB1,532.0 kB [ファイル一覧]
arm64 205.7 kB1,556.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 214.5 kB1,481.0 kB [ファイル一覧]
i386 236.7 kB1,546.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 198.8 kB1,477.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 215.6 kB1,636.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 216.4 kB1,420.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 229.2 kB1,462.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 195.7 kB2,200.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 225.9 kB1,507.0 kB [ファイル一覧]