パッケージ: ivar (1.4.4+dfsg-1)

[ ソース: ivar  ]

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

その他の ivar 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38) [sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

ivar のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	224.7 kB	1,532.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	205.7 kB	1,556.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	214.5 kB	1,481.0 kB	[ファイル一覧]
i386	236.7 kB	1,546.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	198.8 kB	1,477.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	215.6 kB	1,636.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	216.4 kB	1,420.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	229.2 kB	1,462.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	195.7 kB	2,200.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	225.9 kB	1,507.0 kB	[ファイル一覧]