Paquet : pynast (1.2.2-4)

[ Paquet source : pynast  ]

alignement de séquences courtes d'ADN

Ce paquet fournit une nouvelle implémentation de l'outil NAST (« Nearest Alignment Space Termination ») en Python. Il a été préparé pour les séquenceurs de nouvelle génération.

Étant donné un ensemble de séquences et un alignement gabarit, PyNAST alignera les séquences en entrée suivant l'alignement gabarit, et renverra l'alignement à séquences multiples qui contient le même nombre de positions (ou colonnes) que l'alignement gabarit. Ceci facilite l'analyse de nouvelles séquences dans le contexte d'alignements existants, et de données additionnelles provenant d'alignements existants tels que les arbres phylogénétiques. Parce que n'importe quelles séquences de protéine ou d'acide nucléique peuvent être fournies, le paquet PyNAST n'est pas limité à l'analyse de séquences d'ADN ribosomique 16S.

Autres paquets associés à pynast

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  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7)

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• rec: python-mpi4py

  liaisons pour la norme MPI (Message Passing Interface)

• sug: uclust

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	79,7 ko	302,0 ko	[liste des fichiers]