Package: discosnp (2.3.0-2)

[ Source: discosnp  ]

scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze

Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).

Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.

Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:

 1) la sua copertura di letture media,
 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.

Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	774.4 kB	1,604.0 kB	[list of files]
arm64	762.9 kB	1,584.0 kB	[list of files]
i386	781.0 kB	1,544.0 kB	[list of files]