Paquet : vcfanno (0.3.2+ds-2 et autres)

[ Paquet source : vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Autres paquets associés à vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non arm64, i386, ppc64el]

Télécharger vcfanno

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.3.2+ds-2+b6	2 103,4 ko	6 786,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.3.2+ds-2+b6	1 785,3 ko	6 321,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.3.2+ds-2+b6	1 821,7 ko	5 766,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.3.2+ds-2+b6	1 814,7 ko	5 766,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.3.2+ds-2+b6	1 980,7 ko	5 764,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.3.2+ds-2+b6	1 671,5 ko	6 915,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	0.3.2+ds-2+b6	1 695,4 ko	6 442,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.3.2+ds-2+b6	1 746,0 ko	6 321,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.3.2+ds-2+b6	1 922,7 ko	6 708,0 ko	[liste des fichiers]