Пакет: unicycler (0.4.8+dfsg-2)

[ Источник: unicycler  ]

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

Другие пакеты, относящиеся к unicycler

• dep: bcftools

  genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Пакет недоступен

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: miniasm

  ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python3 Distutils Enhancements

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: spades (>= 3.13.1)

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

Загрузка unicycler

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	861,0 Кб	3 532,0 Кб	[список файлов]