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[ Paquet source : bowtie2  ]

Paquet : bowtie2 (2.4.2-2 et autres)

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Paquets similaires :

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50 symboles et jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le génome de mammifères).

Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes d'alignement écarté, local, et par paire.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 2.4.2-2+b3 1 310,9 ko5 305,0 ko [liste des fichiers]
arm64 2.4.2-2+b3 1 234,3 ko4 591,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 2.4.2-2+b2 1 294,0 ko5 573,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 2.4.2-2+b3 1 386,5 ko5 563,0 ko [liste des fichiers]