Paquet : bowtie2 (2.4.2-2 et autres)

[ Paquet source : bowtie2  ]

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50 symboles et jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le génome de mammifères).

Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes d'alignement écarté, local, et par paire.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non amd64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtbb2 (>= 2017~U7) [amd64]

  bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: bowtie2-examples

  exemples pour bowtie2

Télécharger bowtie2

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.4.2-2+b3	1 310,9 ko	5 305,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4.2-2+b3	1 234,3 ko	4 591,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4.2-2+b2	1 294,0 ko	5 573,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4.2-2+b3	1 386,5 ko	5 563,0 ko	[liste des fichiers]