Paketti: python3-cyvcf2 (0.30.4-4)

[ Source: cyvcf2  ]

VCF parser based on htslib (Python 3)

This modules allows fast parsing of VCF and BCF including region-queries with Python. This is essential for efficient analyses of nucleotide variation with Python on high-throughput sequencing data.

cyvcf2 is a cython wrapper around htslib. Attributes like variant.gt_ref_depths return a numpy array directly so they are immediately ready for downstream use.

This package installs the library for Python 3.

Muut pakettiin python3-cyvcf2 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ei amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-coloredlogs

  colored terminal output for Python 3's logging module

• dep: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-numpy-abi9

  näennäispaketti, jonka toteuttaa python3-numpy

Imuroi python3-cyvcf2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	787.7 kt	4,755.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	758.6 kt	4,694.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	758.7 kt	4,662.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	759.8 kt	4,482.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	787.5 kt	4,779.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	742.9 kt	4,773.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	743.9 kt	4,724.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	787.2 kt	4,870.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	751.4 kt	4,749.0 kt	[tiedostoluettelo]