Paket: hinge (0.5.0-2) [debports]

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long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Andere Pakete mit Bezug zu hinge

• dep: daligner

  local alignment discovery between long nucleotide sequencing reads

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.7)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-colormap

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-configparser

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-matplotlib

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-networkx

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-numpy

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-pbcore

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python3-pbcore

• dep: python-ujson

  Paket nicht verfügbar

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
sparc64 (inoffizielle Portierung)	328,1 kB	2.445,0 kB	[Liste der Dateien]