Paket: python-cogent (1.9-14)

[ Quellcode: python-cogent  ]

Rahmenwerk für genomische Biologie

PyCogent ist eine Softwarebibliothek für genomische Biologie. Es ist ein vollständig integriertes und ausführlich getestetes Rahmenwerk für:

 * Kontrolle von Drittanwendungen
 * Entwickeln von Arbeitsabläufen; Abfragen von Datenbanken
 * Durchführen neuartiger probabilistischer Analysen biologischer
   Sequenzevolution, und
 * Erstellen von Grafiken in Publikationsqualität

Es hebt sich durch viele einzigartige eingebaute Fähigkeiten hervor (wie z.B. »true codon alignment«) und eine häufige Ergänzung komplett neuer Methoden für die Analyse genomischer Daten.

Markierungen: Biologie: Proteine, Software-Entwicklung: Python-Entwicklung, Bibliotheken, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::python, interface::commandline, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek, Programm, Zweck: use::analysing, use::comparing

Andere Pakete mit Bezug zu python-cogent

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-matplotlib

  Python-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Numerical Python fügt der Sprache Python eine schnelle Array-Einrichtung hinzu

• dep: python-numpy-abi9

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python-numpy

• rec: blast2

  transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy

• rec: cd-hit

  Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen

• rec: clearcut

  extremely efficient phylogenetic tree reconstruction

• rec: dialign

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• sug: cdbfasta

  CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien

• sug: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• sug: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• sug: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• sug: mothur

  Sequenzanalysen-Suite zur Forschung an Mikrobiota

• sug: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• sug: python-cogent-doc

  Dokumentation für python-cogent

• sug: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• sug: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armhf	2.383,5 kB	7.349,0 kB	[Liste der Dateien]