[ Quellcode: mafft ]
Paket: mafft (7.407-2)
Links für mafft
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket mafft herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [mafft.cbrc.jp]
Ähnliche Pakete:
Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
MAFFT ist ein Programm für multiples Alignment, das drei auf Genauigkeit ausgerichtete Methoden bietet:
* L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für < 200 Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung lokaler paarweiser Alignments), * G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Längen; empfohlen für < 200 Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung globaler paarweiser Alignments), * E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen, nicht abgleichbaren Regionen; empfohlen für < 200 Sequenzen).Auch fünf geschwindigkeitsoptimierte Methoden sind enthalten:
* FFT-NS-i (iterative Verfeinerung,nur zwei Zyklen), * FFT-NS-i (iterative Verfeinerung, max. 1000 Iterationen), * FFT-NS-2 (schnelle, progressive Methode), * FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für > 2000 Sequenzen; progressive Methode mit einem groben Führungsbaum), * NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~ 50.000 Sequenzen; progressive Methode unter Verwendung des PartTree-Algorithmus).
Andere Pakete mit Bezug zu mafft
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- dep: libc6 (>= 2.7)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- rec: blast2
- transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy
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- rec: libwww-perl
- Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web
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- rec: lynx
- Klassischer Textmodus-Webbrowser (nicht graphisch)
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- rec: ruby
- Interpreter für die objektorientierte Skriptsprache Ruby (Standardversion)
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- enh: t-coffee
- Multiple Sequence Alignment
mafft herunterladen
Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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armhf | 700,1 kB | 7.144,0 kB | [Liste der Dateien] |