Pakiet: python-cogent (1.9-14)

[ Pakiet źródłowy: python-cogent  ]

framework for genomic biology

PyCogent is a software library for genomic biology. It is a fully integrated and thoroughly tested framework for:

 * controlling third-party applications,
 * devising workflows; querying databases,
 * conducting novel probabilistic analyses of biological sequence
   evolution, and
 * generating publication quality graphics.

It is distinguished by many unique built-in capabilities (such as true codon alignment) and the frequent addition of entirely new methods for the analysis of genomic data.

Znaczniki: Biologia: Białka, Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Python, Biblioteki, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: implemented-in::python, interface::commandline, Rola: Biblioteka deweloperska, Program, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing

Inne pakiety związane z python-cogent

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Szybkie dodawanie obiektów tablicy, moduł do języka Python

• dep: python-numpy-abi9

  pakiet wirtualny udostępniany przez python-numpy

• rec: blast2

  transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy

• rec: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• rec: clearcut

  Niezwykle wydajna rekonstrukcja drzewa filogenetycznego

• rec: dialign

  Dopasowanie wielu sekwencji w oparciu o segmenty

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: cdbfasta

  Narzędzia do indeksowania i przeszukiwania CDB z plików multi-Fasta

• sug: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• sug: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mothur

  Zestaw narzędzi analizy sekwencyjnej do badań nad florą bakteryjną

• sug: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• sug: python-cogent-doc

  docs for python-cogent

• sug: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• sug: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

Pobieranie python-cogent

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armhf	2 383,5 KiB	7 349,0 KiB	[lista plików]