Paket: fastx-toolkit (0.0.14-6)

[ Quellcode: fastx-toolkit  ]

Vorverarbeitung kurzer FASTQ/A-Nukleotidsequenzen

FASTX-Toolkit ist eine Sammlung an Befehlszeilenwerkzeugen zur Vorverarbeitung von kurzen Nukleotidsequenzen im FASTA- oder FASTQ-Format, die üblicherweise von Sequenzierautomaten der nächsten Generation erstellt werden. Die Hauptverarbeitung solcher FASTA/FASTQ-Dateien ist das Alignieren der Sequenzen zu Referenzgenomen oder anderen Datenbanken, mittels spezialisierter Programme wie BWA, Bowtie und vielen anderen. Jedoch ist es manchmal produktiver die FASTA/FASTQ-Dateien zu vorverarbeiten, bevor die Sequenzen zum Genom angeordnet werden. Es werden also Sequenzen manipuliert, um bessere Resultate zu erhalten. Die Werkzeuge des FASTX-Toolkits führen einige dieser Vorverarbeitungen durch.

Markierungen: Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu fastx-toolkit

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgd-graph-perl

  Graph Plotting Module for Perl 5

• dep: libgtextutils0v5

  Gordon Text_utils library

• dep: libperlio-gzip-perl

  Modul, das eine PerlIO-Schicht für gzip/gunzip bietet

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	108,0 kB	553,0 kB	[Liste der Dateien]