Paket: anfo (0.98-8)

[ Quellcode: anfo  ]

Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG

Anfo ist ein Mapper in der Art von Soap/Maq/Bowtie, aber die Implementierung ähnelt eher BLAST/BLAT. Anful ist für Alignments sequenzierter Reads (kurze DNA-Sequenzen) am nützlichsten, wenn die DNA-Sequenz irgendwie verändert wurde (etwa sehr alte DNA oder Bisulfit-Behandlung) und/oder wenn es zwischen Probe und Referenz mehr Abweichungen gibt, als schnelle Mapper problemlos vertragen (etwa wenn das Referenzgenom fehlt und stattdessen eine verwandte Spezies benutzt wird).

Andere Pakete mit Bezug zu anfo

• dep: libanfo0 (>= 0.98)

  Library for Short Read Aligner/Mapper from MPG

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libelk0

  implementation of Scheme (the Extension Language Kit)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libpopt0 (>= 1.14)

  Bibliothek zum Auswerten von Befehlszeilen-Parametern

• dep: libprotobuf23 (>= 3.12.3)

  C++-Bibliothek für Protocol Buffers

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	113,9 kB	439,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	105,2 kB	395,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	99,8 kB	345,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	102,0 kB	305,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	119,6 kB	417,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	109,5 kB	438,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	110,5 kB	411,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	114,8 kB	619,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	104,0 kB	411,0 kB	[Liste der Dateien]