Package: rna-star (2.7.11b+dfsg-2)

[ Source: rna-star  ]

Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

Programmet Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) baseret på en tidligere ubeskrevet RNA-seq-sammenligningsalgoritme, som bruger sekventiel maksimal kortlægningsparat seed-søgning i suffikstabeller uden komprimering efterfulgt af seed-klyngeopbygning og syning. STAR er bedre end andre sammenligningsprogrammer med en faktor >50 i kortlægningshastighed, sammenligning med menneskets genom 550 million 2 × 76 bp parret-slut læsninger per time på en moderat server med 12-kerner, mens der på samme tid er en forbedring af sammenligningssensitivitet og præcision. Udover fordomsfri de novo-registrering af kanoniske bindinger kan STAR registrere ikkekanoniske dele og chimeric (fusion) transkriptioner, og kan også oversætte RNA-sekvenser i fuld længde. Via Rocke 454-sekvensering af »reverse transcription polymerase chain reaction amplicons« validerede forfatterne eksperimentelt 1960 novel mellemgenom delbindinger med 80-90 % succes, underbyggende den høje præcision i START-kortlægningsstrategien.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to rna-star

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download rna-star

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3,462.6 kB	22,219.0 kB	[list of files]
arm64	711.3 kB	2,699.0 kB	[list of files]
mips64el	671.9 kB	2,997.0 kB	[list of files]
ppc64el	743.5 kB	3,083.0 kB	[list of files]
riscv64	752.0 kB	2,275.0 kB	[list of files]