Package: bifrost (1.3.1-1 and others)

[ Source: bifrost  ]

Parallel konstruktion, indeksering og forespørgsel af de Bruijn-grafer

Bifrost er et kommandolinjeværktøj for sekventering, der har en bred vifte af funktioner, såsom indeksering, redigering og forespørgsel af grafen samt inkluderer en farvemetode for grafen, der oversætter hver k-mer for grafen til genomerne de fremgår af.

 * Bygge, indeksere, farvelægge og forespørge de kompakte de Bruijn-grafer
 * Intet behov for at bygge de udpakkede de Bruijn-grafer
 * Læsninger eller samlede genomer som inddata
 * Resultatgraf i GFA (kan visualiseres med Bandage), FASTA eller binært
 * Grafrensning: kort fif-klipning etc.
 * Flere tråde
 * Ingen parametre at estimere med andre værktøjer
 * Præcis eller tilnærmelsesvis k-mer-søgning for forespørgsler

Other Packages Related to bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  Bibliotek for parallel konstruktion, indeksering og forespørgsel af de Bruijn-grafer

• dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download bifrost

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.1-1	500.0 kB	1,222.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1-1+b1	486.1 kB	1,175.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1-1	462.5 kB	1,326.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1-1	510.8 kB	1,366.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.1-1	505.7 kB	1,006.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1-1	510.2 kB	1,273.0 kB	[list of files]