Paket: bifrost (1.3.1-1 und andere)

[ Quellcode: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Andere Pakete mit Bezug zu bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht arm64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht riscv64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

bifrost herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.3.1-1	500,0 kB	1.222,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.1-1+b1	486,1 kB	1.175,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.3.1-1	462,5 kB	1.326,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.1-1	510,8 kB	1.366,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.3.1-1	505,7 kB	1.006,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.1-1	510,2 kB	1.273,0 kB	[Liste der Dateien]