Pakiet: bifrost (1.3.1-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Inne pakiety związane z bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie arm64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie bifrost

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.3.1-1	500,0 KiB	1 222,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.1-1+b1	486,1 KiB	1 175,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.1-1	462,5 KiB	1 326,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.1-1	510,8 KiB	1 366,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.3.1-1	505,7 KiB	1 006,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.1-1	510,2 KiB	1 273,0 KiB	[lista plików]